Pochodzenie i wczesna historia Eisenach są nieznane. Osada frankońska z VIII wieku w pobliżu wzgórza Petersberg jest uważana za początek Eisenach. Brak jest jednak źródeł pisanych o tym wczesnym okresie. Według legendy Ludwik Springer zaczął w 1067 roku założył nad osadą zamek Wartburg .
Pierwsze wzmianki o zamku pojawiły się w 1080 r. w kronice saskiej. Sam Eisenach pojawił się w dokumencie datowanym na 1150, gdzie był określany jako „Isinacha”. Miasto zostało założone przez budowę trzech niezależnych osad targowych wokół sobotniego rynku (dzisiejszy Karlsplatz), środowego (dzisiejszy Frauenplan) i poniedziałkowego (dzisiejszy Marktplatz). Ze względu na dogodne położenie w wąskim gardle między Lasem Turyńskim na południu a górami Hainich na północy, Eisenach korzystało ze znacznego handlu z zachodu na wschód wzdłuż Via Regia od Frankfurtu do Erfurtu i Lipska i stało się bogatym miastem kupieckim. W drugiej połowie XII wieku wzniesiono mury miejskie (ważnym reliktem tego muru jest Nikolaitor), a Eisenach otrzymał zaplanowaną siatkę ulic i zaułków. Pod koniec XII wieku Wartburg stał się główną rezydencją ludowingów , czyniąc Eisenach czołową miejscowością w dzisiejszej zachodniej Turyngii i północnej Hesji, która również należała do ziemi ludowingów. W 1207 roku na zamku Wartburg miał miejsce legendarny Sängerkrieg .
W 1221 św. Elżbieta poślubiła Landgrafa Ludwika IV i do 1228 mieszkała w Eisenach lub na zamku Wartburg. Później została patronką Turyngii i Hesji.
W 1247 roku, gdy ludowingowie wymarli, które doprowadziły do wojny o sukcesję w Turyngii pomiędzy Wettinami i księżną Zofią z Brabancji . W konsekwencji doszło do podziału landgrawiatu. Eisenach i wschodnie części przeszły do Wettynów (później przekształconych w Turyngię), a Kassel , Marburg i zachodnie części przeszły do Sophie (później przekształcone w Hesję). Eisenach utrzymało wiodącą pozycję wśród miast Turyngii Wettinów, stając się ich Oberhofem Pewni siebie obywatele Eisenach walczyli przeciwko rządom Wettinów, aby stać się wolnym miastem cesarskim między 1306 a 1308 rokiem, ale utracili ten status. W XIV wieku nastąpiły różne kryzysy: w 1342 roku wielki pożar zniszczył prawie wszystkie zabudowania, a Czarna Śmierć zabiła wielu mieszkańców w 1349 i 1393 roku. Od 1406 roku Eisenach przestało być rezydencją Wettinów, co doprowadziło do upadku zabudowy miejskiej . W 1485 r. w „ podziale Lipska ” miasto znalazło się w rękach ernestyńskiej linii Wettynów.
W latach 1498-1501 młody Marcin Luter uczęszczał do szkoły łacińskiej św. Jerzego w Eisenach, przygotowując się do kolejnych studiów na Uniwersytecie w Erfurcie . W latach 1521/22 został ukryty przez Fryderyka Mądrego na zamku Wartburg, aby uchronić go przed cesarskim zakazem . W tym czasie Luter przetłumaczył Nowy Testament z greki na niemiecki, co było ważnym krokiem zarówno dla niemieckiej reformacji, jak i rozwoju spójnego języka niemieckiego.
W 1596 roku Eisenach ponownie stało się rezydencją książęcą dla domu Saxe-Eisenach . Johann Sebastian Bach urodził się w Eisenach w 1685 roku. Jego ojciec, Johann Ambrosius Bach, pracował w tym czasie jako muzyk. Innymi znanymi kompozytorami i muzykami związanymi z Eisenach w tym okresie byli Johann Pachelbel , Johann Christoph Bach i Georg Philipp Telemann . Po wymarciu książąt Eisenach w 1741 r. miasto i państwo stały się częścią Saksonii-Weimaru .
Od 1809 Eisenach było częścią Księstwa Sachsen-Weimar-Eisenach (po 1815 Wielkiego Księstwa). W 1817 r. w Eisenach odbył się Festiwal Wartburga , spotkanie studentów opowiadających się za ruchami w kierunku bardziej liberalnego, konstytucyjnego państwa i zjednoczenia Niemiec . Rewolucja przemysłowa rozpoczęła się stosunkowo wcześnie w Eisenach. Już w pierwszej połowie XIX wieku powstały pierwsze fabryki. W 1847 Eisenach zostało połączone koleją Turyńską z Erfurtem i Halle / Lipskiem na wschodzie, aw 1849 z Kassel i Frankfurtem na zachodzie. W 1858 r . otwarto kolej Werra do Lichtenfels (i dalej do Norymbergi ). Od 1871 Eisenach gościło jedną z największych społeczności żydowskich w Turyngii,